MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus JKD6159 plasmid pSaa6159

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017339	TAC	3	9	390	398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017339	AAGA	2	8	399	406	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017339	TTTA	2	8	432	439	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017339	AGA	2	6	457	462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017339	AGC	2	6	503	508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017339	AAG	2	6	539	544	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017339	AAAT	2	8	602	609	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017339	ATGA	2	8	613	620	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017339	GAA	2	6	708	713	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017339	AATAT	2	10	751	760	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017339	AATC	2	8	765	772	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017339	ATC	2	6	822	827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017339	A	6	6	851	856	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017339	TGG	2	6	914	919	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017339	TAAA	2	8	926	933	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017339	TAAT	2	8	976	983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017339	TGA	2	6	989	994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017339	GAA	3	9	1011	1019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017339	ATT	3	9	1056	1064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017339	T	7	7	1090	1096	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017339	T	6	6	1102	1107	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017339	A	7	7	1110	1116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017339	TGTA	2	8	1144	1151	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017339	CA	3	6	1190	1195	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017339	CATT	2	8	1241	1248	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017339	TTAAA	2	10	1292	1301	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017339	AGA	2	6	1341	1346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017339	A	6	6	1410	1415	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017339	TTTTTG	2	12	1437	1448	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017339	AT	3	6	1457	1462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017339	TA	3	6	1494	1499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017339	A	6	6	1574	1579	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017339	C	7	7	1586	1592	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
34	NC_017339	TTTC	2	8	1612	1619	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017339	TCG	2	6	1629	1634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017339	A	6	6	1644	1649	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017339	GTA	2	6	1687	1692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017339	AATT	2	8	1708	1715	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017339	A	7	7	1763	1769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017339	CGA	2	6	1771	1776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017339	ACG	2	6	1852	1857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017339	TTAT	2	8	1931	1938	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017339	TAA	2	6	1968	1973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017339	GAA	2	6	2094	2099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017339	ATT	2	6	2229	2234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017339	TCT	2	6	3287	3292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017339	A	6	6	3307	3312	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017339	TA	3	6	3319	3324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017339	GAC	2	6	3331	3336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017339	TATC	2	8	3348	3355	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017339	GAT	2	6	3370	3375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017339	ATA	2	6	3376	3381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017339	TC	3	6	3395	3400	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017339	AG	3	6	3419	3424	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017339	CAT	2	6	3458	3463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017339	TCA	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017339	GCTGT	2	10	3481	3490	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017339	TAT	2	6	3495	3500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017339	CAA	2	6	3521	3526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017339	TAAT	2	8	3528	3535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017339	A	6	6	3560	3565	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017339	AGT	2	6	3581	3586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017339	TAG	2	6	3644	3649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017339	ATA	2	6	3664	3669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017339	AGT	2	6	3675	3680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017339	AT	3	6	3702	3707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017339	T	6	6	3721	3726	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017339	CATA	2	8	4734	4741	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017339	TA	3	6	4740	4745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017339	TTG	2	6	4747	4752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017339	AT	3	6	4765	4770	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017339	TAA	2	6	4786	4791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017339	T	6	6	5668	5673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017339	T	8	8	5710	5717	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017339	TTAA	2	8	5723	5730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017339	TCT	2	6	5773	5778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017339	AC	3	6	5871	5876	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017339	AATG	2	8	5970	5977	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017339	TGAA	2	8	5983	5990	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017339	CAA	2	6	6013	6018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017339	TAA	2	6	6019	6024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017339	GTT	2	6	6030	6035	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017339	TTC	2	6	6154	6159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017339	TTA	2	6	6174	6179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017339	ATT	2	6	6196	6201	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017339	TA	3	6	6205	6210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017339	GTT	2	6	6219	6224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017339	CCACGA	2	12	6269	6280	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017339	ATG	2	6	6340	6345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017339	CA	3	6	6393	6398	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017339	CCT	2	6	7661	7666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_017339	T	6	6	7721	7726	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017339	CTTA	2	8	7760	7767	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017339	AGA	2	6	7780	7785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017339	TAA	2	6	7825	7830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017339	TAA	2	6	7862	7867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017339	TAT	2	6	7891	7896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017339	ATT	2	6	10104	10109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017339	ATA	2	6	11008	11013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017339	TAT	2	6	11039	11044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017339	TAT	2	6	11051	11056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017339	TAT	2	6	11100	11105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017339	ATTT	2	8	11113	11120	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017339	TA	3	6	11153	11158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017339	A	6	6	11160	11165	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017339	ATAA	2	8	11168	11175	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017339	TCA	2	6	11202	11207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017339	T	6	6	11245	11250	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017339	AAT	2	6	11267	11272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017339	AT	3	6	11277	11282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017339	TTG	2	6	11300	11305	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017339	GAT	2	6	12022	12027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017339	TAT	2	6	12035	12040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017339	TAA	3	9	12048	12056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017339	AG	3	6	12066	12071	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017339	CT	4	8	12082	12089	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017339	ATG	2	6	12122	12127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017339	ATT	2	6	12146	12151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017339	TA	3	6	12167	12172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017339	TATT	2	8	12199	12206	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017339	GTT	2	6	12222	12227	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017339	ATA	2	6	12248	12253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017339	TA	4	8	12264	12271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017339	AACAA	2	10	12276	12285	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017339	A	6	6	12298	12303	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017339	ATT	2	6	12313	12318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017339	TATTT	2	10	12332	12341	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017339	TAA	2	6	12352	12357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017339	AT	3	6	12684	12689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017339	CATA	2	8	15662	15669	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017339	A	6	6	15673	15678	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017339	T	6	6	15712	15717	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017339	T	6	6	15744	15749	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017339	ATG	2	6	15750	15755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017339	A	6	6	15758	15763	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017339	TAA	2	6	15807	15812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017339	T	6	6	16185	16190	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017339	GAA	3	9	16212	16220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017339	AAG	2	6	16327	16332	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017339	TAA	2	6	16340	16345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017339	A	6	6	16344	16349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017339	AGAT	2	8	16367	16374	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017339	TAA	2	6	16388	16393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017339	A	6	6	16471	16476	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017339	ATT	2	6	16522	16527	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017339	TTTG	2	8	17167	17174	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017339	ATT	2	6	17181	17186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017339	TAA	2	6	17512	17517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017339	ATT	2	6	18441	18446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017339	AGA	2	6	18904	18909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017339	AT	3	6	18931	18936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017339	T	6	6	19003	19008	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017339	TAT	2	6	19032	19037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017339	T	6	6	19037	19042	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017339	TAA	2	6	19059	19064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017339	TAACG	2	10	19070	19079	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_017339	ATG	2	6	19104	19109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017339	TCAT	2	8	19122	19129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_017339	CCT	2	6	19138	19143	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_017339	CT	3	6	19142	19147	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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162	NC_017339	GAC	2	6	19173	19178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_017339	TC	3	6	19196	19201	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
164	NC_017339	TAA	2	6	19225	19230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017339	TGT	2	6	19232	19237	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017339	TA	3	6	19238	19243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_017339	A	6	6	19634	19639	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017339	TTAA	2	8	19672	19679	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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178	NC_017339	TTTA	2	8	20696	20703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017339	TA	3	6	20702	20707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017339	TA	3	6	20725	20730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.